Villa Caffarelli risale al Cinquecento, quando Ascanio Caffarelli, figlio di Gian Pietro, che era stato paggio di Carlo V, ebbe in dono dall’imperatore un terreno sul Capitolium. Il nobile romano fece spianare questo tratto di colle per costruirvi la dimora di famiglia secondo un progetto di Gregorio Canonica, allievo del Vignola. La costruzione durò dal 1576 al 1583 e fu terminata dal figlio di Ascanio, Gian Pietro II. Bellissimo il portale michelangiolesco della villa in via delle Tre Pile (nella foto sotto il titolo), composto da un timpano ad architrave spezzato e due mascheroni: una lunetta con rosta sotto l’architrave reca la scritta IOANNES PETRUS CAFFARELLIUS sulla facciata esterna, mentre su quella interna l’anno di costruzione MDLXXXIIII (1584). Il palazzo ha subito nei secoli diverse trasformazioni che lo hanno in gran parte stravolto dalle forme originali.
La facciata attuale (nella foto 1) presenta tre piani con 9 finestre ognuno, mentre un tempo ne avevano ben 17; al pianterreno apre un bel portale bugnato sovrastato da un balcone decentrato. I Caffarelli vendettero nel 1854 villa e palazzo a Guglielmo I di Prussia; in seguito il complesso passò al nuovo Stato di Germania, che provvide al restauro del palazzo. La facciata fu rinnovata e venne decorato di pitture l’interno per volere di Guglielmo II nel 1899. Alla fine della Prima Guerra Mondiale il complesso venne sequestrato dal Governo Italiano ed in parte demolito per ricercare i resti del Tempio di Giove Capitolino, sopra il quale il palazzo sorge. Sorse una vertenza tra Italia e Germania per la proprietà e fu risolta nel 1925, quando tutto fu ceduto al Comune di Roma. Allora il palazzo, restaurato, divenne sede del Museo Nuovo Capitolino al pianterreno e della Galleria Comunale d’Arte Moderna al primo piano: inizialmente denominata Galleria Mussolini, nel 1949 fu trasferita, per fare posto a reperti dell’Antiquarium comunale, a palazzo Braschi, nel 1963 nel Palazzo delle Esposizioni. Disallestita nel 1972 per i lavori nel palazzo, le opere furono di nuovo trasferite a palazzo Braschi e poi chiuse nei depositi ed in altri immobili comunali. Nel 1989 la collezione fu allestita nella sede dell’ex Birreria Peroni, nel quartiere Nomentano, finché nel 1995 venne inaugurata la sede di via Francesco Crispi, nell’ex convento delle Carmelitane Scalze a S.Giuseppe Capo le Case, tuttora sede del Museo.